なすの紫色は皮のアントシアニンで、水溶性ですので、煮汁に出ます。なすを色よく仕上げるには、油で炒めて色止めしてから煮込むときれいに仕上がるのはそのためです。また酸性かアルカリ性かで赤紫になったり青くなります。酸化されると褐色になるのは漬物で経験することです。ポリフェノールから生成する色素は、ポリフェノールオキシダ−ゼにより酸化され褐色重合物となります。これをアクと称して水にさらすことになります。
アントシアニンの色は毒ではありませんし、料理の邪魔をしなければ、捨てる必要もありませんし、お使い下さい。